云南農(nóng)業(yè)大學(xué)發(fā)布茶葉多組學(xué)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)

來(lái)源:科技日?qǐng)?bào) 2023-08-08 09:59 http://www.vtrackmedia.com/

　　記者7日從云南農(nóng)業(yè)大學(xué)獲悉，該校盛軍教授團(tuán)隊(duì)近期成功發(fā)布茶葉多組學(xué)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)，為山茶屬遺傳育種提供了重要的數(shù)據(jù)支撐和檢索分析平臺(tái)。植物科學(xué)領(lǐng)域期刊《植物通訊》發(fā)表了相關(guān)研究成果。

　　茶被世界衛(wèi)生組織推薦為六大健康飲料之首，全世界有超過(guò)20億人飲茶。近年來(lái)，隨著基因組學(xué)技術(shù)廣泛應(yīng)用，山茶屬多組學(xué)數(shù)據(jù)迅猛增長(zhǎng)，為茶葉生物學(xué)研究帶來(lái)新機(jī)遇和多組學(xué)數(shù)據(jù)整合和利用的新挑戰(zhàn)，建立一個(gè)綜合性數(shù)據(jù)庫(kù)支持茶葉基因研究勢(shì)在必行。盛軍團(tuán)隊(duì)長(zhǎng)期致力于茶葉基因組、功效成分及功能機(jī)理研究，搜集并整合了山茶屬多個(gè)參考基因組、重測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組等組學(xué)數(shù)據(jù)，并將這些數(shù)據(jù)整合為8個(gè)基礎(chǔ)模塊，共收集265個(gè)種以及714個(gè)品種的分類(lèi)信息，可滿(mǎn)足人們對(duì)山茶屬生物資源信息的了解。

　　團(tuán)隊(duì)中的云南農(nóng)業(yè)大學(xué)教授董揚(yáng)、博士研究生李旭真還提供了包括泛基因組、臨滄茶樹(shù)重測(cè)序與土壤宏基因組測(cè)序數(shù)據(jù)三項(xiàng)獨(dú)立研究，構(gòu)建并發(fā)布了山茶屬多組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)——Teabase。此外，盛軍團(tuán)隊(duì)還開(kāi)發(fā)了引物設(shè)計(jì)、基因組瀏覽器、基因表達(dá)查看等一系列實(shí)用分析工具，滿(mǎn)足研究學(xué)者對(duì)基因、變異位點(diǎn)、基因表達(dá)等信息的檢索、分析、整合以及下載等需求。

　　據(jù)悉，這是世界上首個(gè)綜合茶葉多組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)，收錄了大量茶葉相關(guān)的多組學(xué)數(shù)據(jù)，一半以上數(shù)據(jù)為首次發(fā)表，包括12個(gè)參考基因組和一份泛基因組組裝、100份轉(zhuǎn)錄組，705份全球茶葉種質(zhì)資源的遺傳信息、1350份云南臨滄產(chǎn)區(qū)古樹(shù)茶重測(cè)序及對(duì)應(yīng)的448份宏基因組測(cè)序數(shù)據(jù)，上億條變異數(shù)據(jù)，為茶葉基礎(chǔ)研究和遺傳育種提供了重要的數(shù)據(jù)和平臺(tái)支持，標(biāo)志著我國(guó)茶葉基因組研究邁向新階段。（記者趙漢斌）

原標(biāo)題：云南農(nóng)業(yè)大學(xué)發(fā)布茶葉多組學(xué)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)

責(zé)任編輯：凌芹莉